通灵兽的选择与运用是区分玩家水平的关键要素之一。最高水平的通灵策略需要综合考虑忍者特性、战斗节奏和对手阵容。攻击型通灵如蛤蟆吉和鲛鲨适合灌伤流打法，其团队攻击增益效果能最大化输出效率；而防御型通灵如贝壳和蛞蝓则更适合生存能力较弱的忍者，通过护盾或治疗弥补短板。控制型通灵如山椒鱼的毒雾封锁走位，能为技能冷却争取时间，这类通灵在高段位对决中往往能扭转战局。
通灵进阶是提升战力的核心途径，但需注意资源分配的优先级。普通通灵建议先全部升至5阶激活基础属性加成，再优先进阶攻击型通灵至15阶；付费通灵则需消耗高级通灵卷轴，建议在普通通灵达到一定阶段后再投入资源。进阶过程中，5阶和15阶是战力跃升的关键节点，而10阶和20阶主要强化通灵技能（决斗场不生效），这种阶段性差异要求玩家必须规划好铜币与培养石的消耗节奏。
高端局玩家通常会保留通灵作为反手手段，例如在对方替身后立即使用山椒鱼限制走位，或在己方技能真空期用贝壳护盾抵挡爆发伤害。通灵与秘卷的联动也值得关注，例如扦插之术配合蛤蟆吉的水铁炮能实现伤害最大化，而冻雪秘卷搭配控制型通灵可形成连续压制。通灵效果会受网络延迟影响，在高速对抗中需提前预判动作帧。
通灵系统的深度还体现在专属适配性上。部分忍者与特定通灵存在隐藏协同，例如止水的瞬身术与贝壳护盾的移速加成能形成战术联动，而须佐能乎系忍者搭配蛞蝓可延长持续作战能力。这种专属搭配需要玩家通过大量实战测试才能掌握，也是顶尖玩家构建个人风格的重要环节。通灵在3V3模式中的轮换策略、以及针对不同地图的生效范围差异，都增加了系统的策略维度。
从操作层面来看，通灵系统的精通需要经历三个阶段：基础阶段追求通灵命中率，中级阶段掌握连招衔接，高阶阶段则需预判敌方通灵并实施反制。这种学习曲线使得通灵系统成为衡量玩家综合实力的试金石。尽管部分通灵存在性能差异，但真正决定胜负的仍是使用者的战术意识和临场应变能力，这也是该系统设计最精妙之处。
