暗部积分是提升玩家段位和获取特定奖励的重要资源，主要通过竞技场挑战、完成特殊任务、参与组织活动以及限时副本等途径获得。竞技场挑战是获取暗部积分的基础方式，玩家通过参与排位赛或武斗赛，根据胜负结果和段位提升情况获得相应积分。排位赛达到暗部段位后，通过武斗赛积累忍道积分，排名进入前100即可获得包含国标奖励在内的暗部积分。需不同忍者的上榜积分要求存在差异，选择操作熟练的忍者更容易在竞争中取得优势。
完成游戏内设定的特殊任务是暗部积分的另一稳定来源，包括每日任务、限时活动任务以及组织专属任务。组织玩法中的迎击叛忍活动全天开放，参与门槛较低，成功挑战后可获得包含叛忍护额在内的道具奖励，该道具可直接用于提升暗部头衔等级并转化积分。跨服战或组织争霸类活动中表现优异者，系统会直接发放特殊暗部称号及对应积分奖励。部分任务需要组队完成，建议提前在组织内协调阵容，选择具备群体控制或高爆发技能的忍者组合以提高效率。
限时副本与日常玩法同样是积分的有效补充渠道。丰饶之间、妙木仙境等副本通关后除基础奖励外，首次通关或达成特定条件时往往附带暗部积分奖励。修行之路等爬塔类玩法中，每通过一定关卡会获得修行值，可在对应商店兑换忍者碎片或直接兑换积分。需注意部分副本存在难度分级，建议根据自身战力选择合适难度，避免因挑战过高难度导致体力浪费。每日签到的累计奖励中偶尔也会包含积分道具，需及时领取。
虽然商城开放具有时效性，但通过前述途径积累的积分可用于兑换稀有忍者碎片或秘卷等实用道具。建议优先兑换当前阵容核心忍者的碎片或高性价比秘卷，避免盲目消费造成积分浪费。部分特殊活动期间商城可能上架限定兑换物品，需提前规划积分储备。通过竞技场获取的忍道积分与常规暗部积分存在转化比例，在积分紧张时可作为应急资源使用。
